Afin de mettre en place sa démarche " Connaître protéger gérer valoriser ", le Conservatoire s'appuie sur un important réseau de sites naturels. Actuellement, le Conservatoire gère ou co-gère près d'une centaine de sites naturels remarquables, dont
63 % par le biais de conventions et 37 % par le biais d'acquisitions.

Par ailleurs, le Conservatoire participe à des projets transversaux avec de nombreux partenaires, sur des territoires plus larges, à l'échelle départementale ou régionale.